کروموزومY به نوعی نماد مردانگی است اما این روزها در حال نقش باختن و ضعیف شدن است. اگرچه این کروموزوم ژن SRY، تعیین کننده جنسیت پسر (XY) یا دختر (XX) را درون خود دارد اما ژن های خاص دیگری روی آن نیست و تنها کروموزومی است که برای زندگی الزامی نیست. از سوی دیگر، زنان بدون این کروموزوم هیچ مشکلی پیدا نخواهند کرد.
کروموزوم Y در طول زمان به سرعت تخریب شده. زنان حالا دو کروموزوم X دست نخورده و کامل دارند و مردان با یک کروموزوم X و یک کروموزوم تضعیف شده Y. اگر با همین روند تخریب ادامه پیدا کند، کروموزوم Y تا 4.6 میلیون سال دیگر به طور کامل از بین خواهد رفت. شاید مدت زمانی بسیار طولانی به نظر برسد اما اگر بدانید حیات از 3.5 میلیارد سال قبل روی کره زمین پدید آمده، متوجه می شوید که 4.6 میلیون سال واقعا زمان زیادی نیست.
کروموزوم Y همیشه اینطور نبوده. اگر به 166 میلیون سال پیش، زمانی که اولین پستانداران پدید آمدند برگردیم، داستان کاملا متفاوت خواهد بود. کروموزوم Y ابتدایی در آن زمان هم اندازه کروموزوم X بوده و همه ژن های مشابه را در خود داشته.
با این حال، کروموزوم Y یک نقص بنیادی دارد. برخلاف همه کروموزوم ها که از آن ها دو کپی در سلول ها وجود دارد، کروموزوم Y فقط یک کپی داشته که از پدر به پسر انتقال یافته.
وجود یک نمونه از کروموزوم Y یعنی عدم امکان نوترکیبی ژنتیکی. نوترکیبی ژنتیکی به نوعی آمیخته شدن ژن ها در هر نسل است که کمک می کند تا جهش های ژنی آسیب زننده از بین بروند. بی بهره از فواید نوترکیبی، ژن های کروموزوم Y به مرور زمان از بین رفته و در نهایت از ژنوم حذف شدند.
علی رغم این فرآیند، دانشمندان اخیرا متوجه شده اند که کروموزوم Y برای جلوگیری از نابود شدن ژن هایش، مکانیسمی بسیار قابل قبول را به کار گرفته.