روشهای رایج تشخیص جنسیت جنین قبل از تولد، مانند روشهای آمنیوسنتز و CVS روشهای بسیار تهاجمی بوده و اگرچه با شانس کم، اما به هر حال 1% احتمال سقط را در مادر ایجاد می کنند، لذا استفاده از این روشها را برای مادرانی که خطر ابتلا جنین آنها به انواع نقائص ژنتیکی بالاست توصیه می کنند.
اخیرا کشف شده که مقدار کمی ازDNAجنین در خون مادر وارد می شود و از همین طریق می توان با روش حساس Real Time PCR کروموزوم Y را ردیابی نمود و جنسیت جنین را پیش بینی کرد.